历史沿革
 
明祖陵枕岗临淮，修建时间之长、体制之宏伟，在诸代明陵中名列前茅。洪武十九年（公元1386年）命皇太子修缮祖陵，葬三帝后冠服。皇太子朱标带领文武群臣和工匠，到泗州城北杨家墩，开始修建祖陵，以后陆续增修，到永乐十一年（公元1413年）陵墓全部修建成功。明祖陵葬三帝后冠服后，才作为三祖共同的陵墓。嘉靖年间，祖陵经再次大规模整修，前后历时30余年的修陵工程得以最终完成。
洪武敬葬
洪武十九年（公元1386年），祖陵的玄宫在杨家墩建成，皇太子朱标“奉三陵帝后衮冕冠服诣陵敬葬”。洪武二十年（公元1387年）开始建造祭殿，皇城的修筑工程自此启动。随后，砖城（周长四里十步）和外罗城（周长九里三十步）也开始修建，洪武时期的祖陵就已颇具规模，基本定型。
1、《明太祖实录》卷之一百七十九
洪武十九年八月……甲辰，命礼部制德祖玄皇帝、玄皇后、懿祖恒皇帝、恒皇后、熈祖裕皇帝、裕皇后衮、冕、冠服。命皇太子至泗州盱眙县修缮祖陵，葬衣冠祭告。
2、《明太祖实录》卷之一百八十四
洪武二十年辛酉夕月……癸亥，命工部遣官往泗州，建祖陵祭殿。
永乐续修
    到了永乐帝朱棣时期，祖陵的修建仍在继续。其中较为重大的工程有两项，一是在永乐元年（公元1403年）接受了工部建议，将参照历史上皇陵之制，把殿、庑、门、廊等所用黑瓦改换为黄色琉璃瓦以提高规格，但这一工程应未在当时完成；二是在永乐十一年（公元1413年），新修祖陵神厨、宰牲亭、棂星门和周围墙垣。
    1、《明成祖实录》卷之二十三：永乐元年冬十月……戊辰，修祖陵。工部言旧用黑瓦，上命易以黄瓦，如皇陵之制。
2、《明太宗实录》卷之八十九：永乐十一年秋八月……甲子，修祖陵神厨、宰牲亭、棂星门并周围墙垣。
嘉靖大修
    嘉靖年间针对祖陵的大修可以分成两个主要阶段。
嘉靖十年（公元1531年），嘉靖帝追封祖陵所在的杨家墩为基运山。
嘉靖十四年（公元1535年）十二月，嘉靖帝下诏修理祖陵、皇陵等，第一阶段工程启动，至嘉靖十七年（公元1538年）十一月竣工。
一是将殿、庑、门、廊等建筑所用黑瓦全部更换为黄色琉璃瓦；
二是增设了陵前的神道石仪（即石刻），工程浩大；
三是树立了嘉靖皇帝御制碑。第二阶段主要是修建防洪堤闸等水利设施，至嘉靖二十三年底结束。至此，祖陵规制才圆满完成，规模宏大，气势雄伟。